Madagaskar se před 150 miliony lety oddělil od zbytku světa, a proto se na něm zachovala jedinečná biodiverzita. Na ostrově nežijí nebezpečná zvířata, zato ho obývají ta vzácná a bizarní, jako jsou různé druhy lemurů, ksukol ocasatý, chameleoni a další. Původní obyvatelé mají velmi spirituální vztah k přírodě, ovlivněný zvířecími legendami, vírou v ducha zvířat a uctíváním předků. Mnohá tabu tak poskytují přírodě ochranu. Naopak velkým nebezpečím pro biosystém je rozšiřující se lidské osídlení a nelegální kácení pralesa.
O národní parky se starají členové Asociace pro ochranu přírody (ANGAP) ve spolupráci s turistickými průvodci a lesníky. Důležitou součástí jejich práce je osvěta mezi vesničany, ale především mezi dětmi. Na severovýchodě ostrova, kde se deštný prales stýká s mořem, se rozkládá Národní park Masoala. Od založení parku se okolním vesnicím dostává víc pozornosti. Všichni dohromady pak prosazují metodu dlouhodobě udržitelné kultivace rýže, vanilky a kávy. Významným zdrojem příjmů začíná být i ekoturistika.
Dalším národním parkem je Andringitra v hornatém vnitrozemí, kde rostou vzácné druhy orchidejí a další endemické druhy rostlin. Ochránci přírody zde vybudovali centrum pro turisty, které přibližuje přírodu a kulturu regionu. Jeho obyvatelé se zabývají i tradičními řemesly a zpracováním papyru. Jihozápad ostrova je sušší. Rostou zde chráněné baobaby, v nichž podle zdejších legend žijí předci domorodců. U moře rostou mangrovy, které jsou bariérou proti každoročním cyklonům.
Kvůli nelegálnímu kácení a vypalování však lesy dávají stále méně dřeva na stavbu pirog. Lidé zde nacházejí obživu v rybolovu a těžbě soli.